ひとりのユーザーが3台のデバイス(PC、ノートPC、iPhone)に証明書をインストールし、VPN接続の認証を受ける場合、3ライセンス分の料金が必要ですか。

ユーザ別サービス単位の課金ですので、1ライセンス分で大丈夫です。