今登録している証明書を失効して再度登録しようとしましたが、新規登録できませんでした

再度利用者を登録いただくには、一旦現在登録されている利用者を削除(一次削除→二次削除)していただいたのち「新規追加」していただく必要があります。

利用者の削除手順については、以下を参照ください。

利用法人管理者マニュアル

「7.利用者を削除する」